Der Akeeba Installer bietet die Option, die alte .htaccess im letzten "Cleanup" Step wieder zu aktivieren - diese ausschalten.
Oder sobald die Wiederherstellung durch ist, die .htaccess einfach umbenennen/löschen und neu erstellen über "Jetzt absichern" in HTProtect.
Falls kein SSL verfügbar ist, könnte auch die Force-SSL Option in der Joomla-Config kollidieren und müsste ausgeschaltet werden.