Ich schaue gern, dass diese auf 000 gesetzten Dateien aufgelistet werden zumindest, so wie es auch Akeeba Backup macht bei einem Sicherungsversuch.
Insgesamt ist der Umgang damit ein bisschen problematisch. Lesbar machen geht häufig nicht, der Webhoster erzählt einem wahrscheinlich auch etwas anderes, und dann kommt noch dazu, dass teilweise benötigte Dateien - z. B. die "functions.php" bei WordPress - gesperrt werden. Die einfach blind zu löschen, ist dann natürlich auch nicht unbedingt optimal.